电子显微镜应用于金属微观晶体结构分析用途
一般来说电子与试样作用所产生的讯号分为两种，一种是电子讯号，可以细分为：
未散射电子、散射电子(包含弹性反射电子、穿透电子和吸收电子)、激发电子
(二次电子和欧杰电子)。第二种是电磁波讯号，
可分为： X 光射线 (特性及制动辐射)、可见光(阴极发光)、电动势(由半导体中的电子-电洞对所引起)。
电子显微镜主要的用途在于分辨各种讯号以作为晶体结构、 显微组织、 化学
成份、化学键结和电子分部的情况分析。
其本体可以分为四个部分：
（1）照明系统，（2）成像电磁透镜系统，（3）试样室，（4）影像讯号侦测记录系统
因为电子束照射试样各部分知绕射条件不同，而产生两种成像方式： 明视野(bright field)与暗视野(dark field)像，
其成像主要是利用穿透式电子束或是绕射电子束来分别形成，
可 借助此得到不同的资讯。 此外也可以利用中间镜孔径选取试样中特定区域，
可得为小区域之绕射资料，此为选区绕射 (selected area diffraction，SAD)。
也可利用搭载之 EDS 对薄膜进行化学成份分析，较大放大倍率可到 100 万倍
