使用光学显微镜或是显微照相机观察菌体形态
菌体形态之研究方法
有关菌体形态的研究使用光学显微镜或是显微照相机，凭借肉眼来观察量测，但是这样的方法太耗费时间，且菌体的分析量偏低。之后将显微照相机与电脑结合并将资料数位化，使得估算一连串生长形态指数的速度更加快速。在进行此类研究时数据的描述与定义足很重要的，例如effective hyphal length ( 主要菌丝平均长度) 、 maximal hyphal length 以及Caldwell 和Trinci (1973) 定义hyphal growth unit(G) ：全部菌丝长度除以生长尖端的数目总和，也就是当菌丝体长度减少或是分支情形增加G 值就会下降，而这定义是假设所有的菌丝宽度皆一样。
另外，像是主干菌丝长度和分支菌丝长度，也是常见的丝状菌丝的形态参数。接着就是了解其他工程上的参数，包含剪切力、氧气张力以及比生长速率。
过去的量测技术在分析大量的真菌时需要耗费相当长的时间，且结果的优劣往往取决于操作者的技术，因此，影像分析技术(Image Analysis) 被应用到菌丝体的生长形态量测，不仅缩短了分析时间，也能够分辨出球状与分散状的菌丝体外型。通常，菌体形态不仅影响发酵液之黏度与质传效应，也与代谢产物的生成有密切的关连性
