显微镜测定土壤中微生物的形状和分布是特别有用
土壤直接显微镜术直接检查对测定土壤中微生物的形状和分布是特
别有用的，薄片技术，象普通光学显微镜用于微形态学一样，用来观测
土壤结构，根系穿透力以及土壤动物群，但薄片通常还不能薄到可以观
测微植物群落，荧光染色剂例如硫酸镁、荧光异硫氰酸盐能将光线集中
在土壤就是哦表面上，因此，荧光技术能够观测土壤粒上的微生物。
薄片技术和透射电子显微镜技术用于研究土壤结构与微生物的相互
作用和观测根系上的微生物证明是有用的，透射电子显微镜术中使用的
复合掩技术使得区别土壤颗粒和微生物是很困难的，能给出三维图像的
扫描电子显微镜术对显示微生物生境和微生物本身的形状和结构则很优
越，细菌通常包封在粘液中很难看见，而真菌和放线菌的结构则很容易
测到，扫描电子显微镜术是基于一个很小的电子控针快速移动扫过土壤
表面，电子探针的向后散射的电子产生三维效果，通过在特殊波长下测
量向后散射电子或通过使用能聚集很狭窄限定波长的电子探针，就能够
分析各个体营养物，因此，尽管仍存在一些仪器上的问题，但进行根系
和土壤生物的原位分析已成为可能。
埋片技术是把玻片埋在土壤中过一段时期，微生物粘附于玻片上，
取出玻片并染色，能够观测到土壤种群的本质，生物不同类群和菌落形
成类型之间的相互关系在不含添加营养物的玻片上很容易得到，如果添
加一个清晰的涂层，例如赛璐玢，就能够观测复合基质拓殖化的次序，
在玻片上涂一层胶粘剂，让玻片的胶小表面与土壤接触，然后用显微镜
检查可获取微生物分布的一些资料。
在土壤孔隙或土壤团聚体内生长的微生物在扁平玻片表面所见到的
这种关系就不完全具有代表性，一些学者使用土壤镜已经遇到了这种困
难，这些土壤镜是薄的，扁平的光学毛细管，内壁涂层加营养物和不加
营养物两种埋入土壤中，并保持原状在土壤中一段时间足以达到稳定状
态，制备这种扁平的光学毛细管需做大量的工作，因而这种技术不能广
泛使用，其他一些学者使用细尼龙筛埋入土壤中，这种网纱在移动时要
固定和染色，在埋入后不同时间计数网纱上波真菌填满的孔隙数目而乔
真菌发育情况。
